Avec le taux d'émergence de Kaiju le plus élevé au monde, le Japon n'est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les Kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de Kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les Kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!

La Force de défense a arrêté Kafka et prévoit de s'en débarrasser. Kafka tente de plaider sa cause auprès du directeur général Shinomiya, détenteur du pouvoir du puissant Kaiju n°2 et la personne saluée comme la plus forte de l'histoire de la Force de défense. Mais lorsque les supplications de Kafka ne parviennent pas à faire bouger le directeur général, il se retrouve face à lui au combat ! De plus, il commence à perdre le contrôle de sa forme kaiju ! Kafka parviendra-t-il à garder le contrôle assez longtemps pour sauver sa peau ?