Avec le taux d'émergence de Kaiju le plus élevé au monde, le Japon n'est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les Kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de Kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les Kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!

Kafka a rencontré le Kaiju n°9, mais il se retrouve incapable de se transformer. Heureusement, Kikoru vient à la rescousse et l'affronte. Pendant ce temps, le Kaiju n°9 que le capitaine Narumi a rencontré subit une évolution au cours de la bataille ! Sous la pression, le directeur général Shinomiya n'a d'autre choix que d'agir !