Avec le taux d'émergence de Kaiju le plus élevé au monde, le Japon n'est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les Kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de Kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les Kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!

Le Kaiju n°9 se présente pour voler le pouvoir du Kaiju n°2, exercé par Isao Shinomiya, directeur général des Forces de défense. À la fin de la bataille mortelle, Isao parvient à mettre le n°9 sur les cordes, mais il finit par épuiser toutes ses forces, permettant au Kaiju de voler le pouvoir du n°2. Après la défaite d'Isao, le numéro 9 fusionne avec le directeur général et affronte Kafka, Kikoru et Narumi ! Pourront-ils vaincre le numéro 9 et sauver leur chef intrépide ?!