Avec le taux d'émergence de kaiju le plus élevé au monde, le Japon n'est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!

Avec la menace imminente d'un cataclysme provoqué par le n° 9, la prochaine génération de la Force de défense prend des mesures pour se préparer. Reno suit une formation et devient le premier utilisateur compatible du n° 6 de l'histoire. Kafka aiguise ses compétences en apprenant des techniques de combat de style escadron sous la tutelle d'Hoshina. Pendant ce temps, Kikoru obtient l'autorisation de Narumi d'hériter d'un puissant souvenir ayant appartenu à sa mère.