Avec le taux d'émergence de Kaiju le plus élevé au monde, le Japon n'est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les Kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de Kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les Kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!

Alors que des cataclysmes de Kaiju se produisent à travers le Japon, Hoshina se lance dans la bataille équipé de l'Arme numérique 10 et découvre bientôt que manier la toute première arme de Kaiju sensible ne sera pas facile. Pendant ce temps, de retour dans la région d'Oizumi où se trouve Kafka, six Kaiju de classe supergéante émergent, aggravant une situation déjà grave. Mais alors que les choses deviennent désastreuses, des renforts inattendus arrivent !