Avec le taux d'émergence de kaiju le plus élevé au monde, le Japon n'est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!

Les cinq kaiju de classe identifiée créés par le numéro 9 se rassemblent dans la zone de la division est. Spécialement conçus pour éliminer les principaux acteurs de la Force de défense, ces kaiju ont entraîné chaque division dans une lutte. Pendant ce temps, Kafka fait une promesse à Kikoru avant la bataille. Qu'est-ce que cela pourrait être ?!