Ken Kaneki est un étudiant ordinaire jusqu'à ce qu'une violente rencontre le transforme en le premier hybride mi-humain mi-goule. Coincé entre deux mondes, il doit survivre aux guerres de territoire des goules, en apprendre davantage sur la société goule et maîtriser ses nouveaux pouvoirs.

Six mois ont passé depuis l'assaut dans le 11e arrondissement. L'expédition du CCG contre "Aogiri" donne lieu à une série de promotions au sein des inspecteurs. Kotaro Amon, devenu inspecteur en chef, se voit enfin attribué la responsabilité d'un novice dont l'identité a de quoi surprendre. Ken s'est quant à lui éloigné de l'"Antique" pour remonter la piste de Lize jusque dans le 6e arrondissement, avec l'aide de Shu et Banjo. Mais le fil de leurs enquêtes respectives va fatalement rapprocher Ken et Kotaro…